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Monasterio
El 24 de abril de 1138, el Papa Inocencio II tomó bajo su protección el nuevo monasterio, regido por canónigos regulares que vivían bajo la Regla de San Agustín. Años más tarde, el 27 de julio de 1170 Alfonso VIII lo donó a la catedral de Burgos, que se convirtió en propietaria del monasterio. Tras años de litigios entre el cenobio y la catedral, en 1222 llegaron ambas partes a un acuerdo sobre la jurisdicción del obispo en los asuntos del monasterio.o olvido.
San Juan de Ortega
En 1431, la pobre situación del convento y la relajación en que se vivía hizo que el obispo Pablo de Santamaría decidiera entregarlo a los monjes jerónimos de Fresdelval para que lo reformasen. Tomaron posesión del monasterio en marzo de 1432. Al año siguiente, San Juan de Ortega se erigió como monasterio jerónimo independiente, hecho confirmado por Eugenio IV el 27 de junio de 1441. Se inició entonces una etapa de prosperidad, favorecida especialmente por el mecenazgo de Pablo de Santamaría y su hijo Alonso de Cartagena (obispos de Burgos), y el de Juan de Ortega, provisor de Villafranca y futuro obispo de Almería. En los siglos posteriores, el monasterio también recibió la ayuda de importantes familias nobiliarias (Rojas y Avellaneda, entre otras).
Tras la desamortización de 1835 fue vendido. Se inició así la ruina del conjunto. En 1931 fue declarado monumento nacional y, en 1962, el cabildo metropolitano de Burgos asumió el patronato del monasterio.
Comenzó a partir de entonces su restauración.
Del conjunto monacal se pueden admirar la iglesia, el claustro reglar, la capilla de San Nicolás y la hospedería. En otras dependencias, aparte de otros pequeños y ricos objetos,
se custodian un Cristo románico y dos arquetas de marfil,
un cilicio de hierro y un plato de cobre y madera que pertenecieron al santo.
