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Capilla
Esta capilla es el núcleo originario del complejo monástico. La tradición nos informa de que san Juan de Ortega, con su hermano Martín, la terminó hacia 1120, pero «a teja vana y mui pobre». La estrechez y pobreza de esta capilla motivó la sorpresa de Isabel la Católica durante su visita al monasterio en 1477. La reina no pudo más que exclamar al contemplarla: «Que pobre cosa es esta capilla». Juan de Ortega, provisor de Villafranca Montes de Oca y futuro obispo de Almería, que acompañaba a la reina en este viaje, le contestó de esta manera: «Si vuestra Alteza lo manda, yo la mandare hazer». Y en efecto, así se hizo, y se la dotó además de un retablo.
La nueva capilla, que se ha conservado hasta nuestros días, es de una sola nave rectangular, cubierta con tres bóvedas de terceletes que exhiben en sus claves las armas de los Reyes Católicos y las de Juan de Ortega. La presencia de la granada en el escudo real hace pensar que su terminación fue posterior a 1492.
San Juan de Ortega
Capilla de San Nicolás
En la cabecera se dispone un retablo-relicario de estilo barroco, obra del siglo XVIII, presidido por la imagen de san Jerónimo. La calle central se adorna con dos relieves de fines del XVI o inicios del XVII: uno representa a san Nicolás de Bari y san Juan de Ortega, y el otro a santa Ana, la Virgen y el Niño. Las calles laterales se abren y dejan ver en su interior un buen número de relicarios y, en las puertas, unas pinturas de la Sagrada Familia y otros santos.
También se conservan dos rejas. La que separa el tramo más occidental de la capilla de los otros, fue mandada hacer en 1547 por Juan de Toledo, Señor de las Cinco Villas, y por su hermano Manrique. La otra, en la actualidad desmontada, protegía el baldaquino gótico de San Juan y había sido donada por Diego de Vargas, Secretario del Rey, en 1561.
En torno a 1600 se adosó la gran fachada que da acceso a la capilla, concebida a modo de monumental arco de triunfo de severas líneas clasicistas. La reja que vemos a la entrada estuvo situada en un principio en la capilla mayor y había sido mandada hacer hacia 1580 por don Diego Ochoa y Avellaneda. En el remate, pueden contemplarse todavía sus escudos de armas.